ФГИС УОИТ будет состоять из двух частей: открытой (содержащей общедоступную информацию) и закрытой (со сведениями, доступ к которым получат федеральные и региональные органы исполнительной власти, операторы по обращению с ТКО и бизнесмены, действующие в области обращения с отходами). В частности, в систему учёта отходов войдут реестр производителей товаров в России и импортёров товаров; реестр товаров, упаковки товаров; реестр юрлиц и ИП, осуществляющих деятельность по обращению с отходами; реестр объектов по утилизации отходов; реестр мест раздельного накопления и сбора отходов; справочники и классификаторы.
Также ФГИС УОИТ будет содержать инструменты для анализа информации в системе и визуальные средства мониторинга, оценки и контроля данных об отходах; электронные сервисы для расчёта размера экологического сбора; информационные подсистемы, обеспечивающие взаимодействие посредством единой системы межведомственного электронного взаимодействия. Поставщиками информации будут Минпромторг России, ФТС, Росприроднадзор и его территориальные органы, Федеральное казначейство, Росстат, Россельхознадзор, ФНС, иные органы госвласти (если в их обязанности входит представление информации в области обращения с отходами), производители товаров, импортёры товаров, операторы по обращению с отходами и регоператоры по обращению с ТКО.